Το σημερινό Μοναστήρι επανοικοδομήθηκε, στις αρχές του 18ου αιώνα, πάνω στα θεμέλια παλαιότερης μονής, ιδρυτής της οποίας φέρεται ο Θεόδωρος Β΄ Παλαιολόγος, το 1430.
Με την παρέμβαση του Π. Π. Γερμανού, το 1819, η Μονή αναστηλώθηκε, μετά τις λεηλασίες και τις καταστροφές που είχε υποστεί το προηγούμενο έτος από τούρκικες επιδρομές.
Πλησίον της Μονής και του χωριού Ριόλος, βρίσκεται το Μοναστήρι Φιλοκάλη, το οποίο είναι μετόχι της Μονής Μαρίτσης και είναι αφιερωμένο στο Γενέσιο της Θεοτόκου.
Το όνομα το έλαβε από βυζαντινό τοπωνύμιο, γιατί η περιοχή ανήκε στην αρχοντική οικογένεια Φικοκάλη, μέλος της οποίας αναδείχθηκε στη θέση του στρατηγού του «Θέματος» Κρήτης. Το Μοναστήρι όμως, δημιουργήθηκε πολύ αργότερα, κατά τις αρχές του 18ου αιώνα.
