Xτισμένη στην κορυφή βουνού η Μονή εκεί που γύρω της χτίστηκε η σημερινή χώρα, δεσπόζει σε όλο το νησί, Αρχαιολογικά ευρύματα μαρτυρούν ότι χτίστηκε στη θέση αρχαίου ναού της Aρτέμιδος και παλαιοχριστιανικής βασιλικής, η μονή περιβάλλεται από ακανόνιστο ορθογώνιο αμυντικό περίβολο που χρονολογείται από του τέλους του 11ου αιώνα μέχρι τον 17ο. Aπό τη βυζαντινή περίοδο διατηρούνται το Kαθολικό, η Tράπεζα, η Eστία και τα κελλιά. Δεν είναι βέβαιη η χρονολόγηση των βοηθητικών χώρων, όπως το Mαγκιπείον, το Mυλωνείον, το Δοχείον, το Ωρείον κλπ.Tο καθολικό ανήκει στον αρχιτεκτονικό τύπο του απλού τετρακιόνιου με νάρθηκα και εξωνάρθηκα και είναι είναι διακοσμημένο με αξιόλογες τοιχογραφίες από τις οποίες το τελευταίο στρώμα τοποθετείται στις αρχές του 16ου αιώνα.Tο παρεκκλήσι της Παναγίας, ορθογώνιας κάτοψης, στη νότια πλευρά του καθολικού, είναι κατάκοσμο από σημαντικές τοιχογραφίες οι οποίες χρονολογούνται στα τελευταία χρόνια του 12ου αιώνα. N.Δ του καθολικού βρίσκεται το παρεκκλήσι του οσίου Xριστοδούλου, με τυφλό τρούλο, όπου βρίσκεται και η σαρκοφάγος με το σκήνωμά του, και χρονολογείται στις αρχές του 17ου αιώνα.H Tράπεζα, στη B.A. γωνία του καθολικού είναι ορθογώνια σε κάτοψη, με θολωτή στέγαση, τρούλο, είναι διακοσμημένη με φημισμένες τοιχογραφίες. Διατηρούνται τα μαρμάρινα τραπέζια φαγητού των μοναχών.
Το θησαυροφυλάκιο του μοναστηριού
Περιέχει διάφορα κειμήλια διατηρημένα για πολλούς αιώνες. Μεταξύ αυτών μπορούμε να αναφέρουμε: ιερά επισκοπικά άμφια κεντημένα με χρυσή κλωστή και πολύτιμες πέτρες. Μέσα στις γυάλινες θήκες υπάρχουν πολλά ιερά σκεύη, δηλαδή: πολύτιμοι σταυροί, ιερά δισκοπότηρα, στέμματα αυτοκρατόρων και μίτρες πατριαρχών. Μεταξύ αυτών των κειμηλίων περιλαμβάνονται επίσης: το στέμμα του αυτοκράτορα του Βυζαντίου Αλεξίου Α’, η μίτρα του οικουμενικού πατριάρχη Νεοφύτου ΣΤ’, που είναι κατασκευασμένη από 3 κιλά χρυσού και στολισμένη με πολύτιμες πέτρες, ένας αρχιτεκτονικός σταυρός του πατριάρχη Γρηγορίου Ε’, του μάρτυρα του ελληνικού έθνους.
Η βιβλιοθήκη του μοναστηριού
Ιδρύθηκε από τον Όσιο Χριστόδουλο που, όπως λέγεται, προμηθεύτηκε τα πρώτα βιβλία. Σήμερα, η βιβλιοθήκη έχει 900 χειρόγραφα μεταξύ των οποίων τα 325 είναι γραμμένα σε περγαμηνές. Υπάρχουν επίσης πάνω από 2000 τόμοι παλαιών εκδόσεων και 13000 αντίγραφα διάφορων εγγράφων. Κατάλογος αυτών των βιβλίων συντάχθηκε από τον Ιωάννη Σακελίωνα και δημοσιεύτηκε το έτος 1890. Ο κατάλογος συμπληρώθηκε αργότερα από τον Διάκονο Καλλίμαχο. Μεταξύ των σημαντικότερων, χειρόγραφων πρέπει να αναφέρουμε τα ακόλουθα: το χειρόγραφο Διόδωρου Σικελιώτη, τον Πορφυρό Κώδικα, ένα ημιτελές αντίγραφο του ευαγγελίου του ευαγγελιστή Μάρκου, το βιβλίο του Ιώβ, χειρόγραφα του 7ου και 8ου αιώνα μ.Χ., ομιλίες του Αγίου Γρηγορίου του Θεολόγου, το Ευαγγέλιο των Τεσσάρων- ένα χειρόγραφο που χρονολογείται από το 1345 μ.Χ.- που περιέχει ωραίες εικόνες των ευαγγελιστών, 29 κυλινδρικά χειρόγραφα σε περγαμηνές που περιέχουν τις λειτουργίες που γράφτηκαν από τον Αγ. Βασίλειο τον Μέγα και τον Άγιο Ιωάννη τον Χρυσόστομο και διάφορους άλλους ιεράρχες, το γλωσσάριο (λεξιλόγιο), που είναι ένα λεξικό της ελληνικής γλώσσας γραμμένο σε περγαμηνή, την πράξη δωρεάς του αυτοκράτορα Αλεξίου Κομνηνού Α’, με την οποία ο μονάρχης χάρισε το νησί της Πάτμου στον Όσιο Χριστόδουλο. Τέλος, υπάρχουν πολλά έγγραφα των βυζαντινών αυτοκρατόρων, των πατριαρχών, των πριγκίπων και άλλων αξιωματούχων.
Η Σχολή της Πάτμου (Πατμιάς Σχολή)
Αυτό το εκπαιδευτικό ίδρυμα ιδρύθηκε από τον διάκονο Μακάριο Καλογερά στο έτος 1733. Κατά τη διάρκεια της τουρκικής κυριαρχίας, η Σχολή της Πάτμου ανάπτυξε σημαντική δραστηριότητα για την αναγέννηση του ελληνικού έθνους. Οι μεγάλοι άνδρες της σύγχρονης ιστορίας του ελληνικού έθνους ήταν οι περισσότεροι μαθητές της Σχολής της Πάτμου. Οι εταίροι της «Φιλικής Εταιρείας» (πατριωτικής ένωσης), ο πιο σημαντικός Εμμανουήλ Ξάνθος, ο Δημήτριος Τσεσμελής και ο μεγάλος δάσκαλος της ελληνικής εκπαιδευτικής ανάπτυξης ο Αδαμάντιος Κοραής, ο οικουμενικός πατριάρχης και ο μάρτυρας του ελληνικού έθνους Γρηγόριος Ε, ο πατριάρχης Άνθιμος Α’ και άλλοι επιφανείς άνδρες, όλοι φοίτησαν στη Σχολή της Πάτμου.
