Η ιστορία του Αγίου Νικολάου Ορούντας δεν είναι γνωστή.Είναι πιθανόν να διαλύθηκε πριν από τον 18ο αιώνα,αφού τόσο ο Μπάρσκυ,το 1734 – 1735,όσο και ο Αρχιμανδρίτης Κυπριανός,το 1788,το αγνοούν και δεν το περιλαμβάνουν ανάμεσα στα μοναστήρια,που αναφέρουν ότι λειτουργούσαν τότε στην Κύπρο.Από κατάστιχο του 19ου αιώνα,που φυλάσσεται στο Αρχείο της Αρχιεπισκοπής Κύπρου,όπως και από δημοσιεύματα του κυπριακού τύπου των πρώτων δεκαετιών του 20ου αιώνα,πληροφορούμαστε ότι η Μητρόπολη νοίκιαζε την κτηματική του περιουσία σε χωρικούς. Ανάμεσά τους περιλαμβανόταν και ο ιερομόναχος Ιωακείμ από τα Χαντριά,ο οποίος ίδρυσε εκεί σχολείο και δίδασκε τα ελληνικά γράμματα.Στη συνέχεια,όμως, εκποιήθηκε σταδιακά και αγοράστηκε από κατοίκους της περιοχής.
Η εκκλησία του μοναστηριού είναι του 16ου αιώνα,οπότε,πιθανόν,να ιδρύθηκε και το μοναστήρι.Από την περίοδο αυτή διασώζεται στον εξωτερικό τοίχο του ναού ανάγλυφο, που παριστάνει το λιοντάρι του Αγίου Μάρκου,ενώ από διάφορες ενδείξεις,όπως την εγχάρακτη χρονολογία 1733 στον ίδιο τοίχο,συμπεραίνουμε ότι την περίοδο αυτή έγιναν έργα ανακαίνισής του.Όπως σημειώνεται σε σχετική επιγραφή,η εκκλησία εγκαινιάστηκε, το 1913,από τον Μητροπολίτη Κυρηνείας Κύριλλο (1895 – 1916),τον μετέπειτα Αρχιεπίσκοπος Κύπρου Κύριλλο Γ΄.Τα κτίρια που την περιβάλλουν είναι κτισμένα με πέτρα του ποταμού και πλινθάρι,όπως τα παλιά σπίτια του γειτονικού χωριού Ορούντα. Στα νεότερα χρόνια τα κτίρια αυτά είχαν καταπέσει σε ερείπια ή ήταν μισογκρεμισμένα Πριν από μερικά χρόνια,όμως,με πρωτοβουλία του Ομίλου Φίλων Ορούντας και σε συνεργασία με την Εκκλησιαστική Επιτροπή,τη Χωρητκή Αρχή του χωριού και το Τμήμα Αρχαιοτήτων,άρχισε η αναστήλωση του.Στη συνέχεια, το όλο έργο τέθηκε κάτω από την αιγίδα του νεοεκλεγέντος Μητροπολίτη Μόρφου κ.Νεοφύτου και της Ιεράς Μητροπόλεως Μόρφου,που κάλυψε το μεγαλύτερο μέρος της δαπάνης για την ανοικοδόμηση του μοναστηριού με σκοπό την επαναλειτουργία του.