Ο Ιερὸς Ναὸς του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού στην Κόνιτσα, υπήρξε όνειρο και ιερὸς πόθος του μακαριστού Μητροπολίτου Δρυϊνουπόλεως, Πωγωνιανής και Κονίτσης κυρού ΣΕΒΑΣΤΙΑΝΟΥ. Ο μακαριστὸς ιεράρχης, και μετὰ την εκλογὴ του και την ενθρόνισή του στην Ιερὰ Μητρόπολιν Δρυϊνουπόλεως, Πωγωνιανής και Κονίτσης (1967), δεν ελησμόνησε το έργο του ιεροκήρυκος, αλλὰ παράλληλα με την Θεία Λατρεία, πρώτο μέλημά του είχε το να κηρύττει τον λόγο του Θεού. Μάλιστα το καλοκαίρι του 1968, είχε καθιερώσει απογευματινὲς ομιλίες απὸ τον εξώστη του τότε κτηρίου της Αγροτικής Τραπέζης, στην κεντρικὴ πλατεία της Κονίτσης. Επειδή ο χειμώνας έφθανε, και η προσέλευση του κόσμου ήταν τέτοια που η αἰθουσα της «Πνευματικής Στέγης» αποδεικνυόταν ανεπαρκής, άρχισε στην καρδιὰ και την σκέψη του μακαριστού ποιμενάρχου το όνειρο για την δημιουργία ενός Ιερού ναού στο κέντρο της Κονίτσης.
Άρχισε, λοιπόν, τις αναζητήσεις ο μακαριστὸς ΣΕΒΑΣΤΙΑΝΟΣ. Αρχικώς οι προσπάθειές του δεν φαινόταν να αποδίδουν καρπούς. Ο ΣΕΒΑΣΤΙΑΝΟΣ όμως δεν απογοητεύτηκε. Εναπέθεσε τις ελπίδες του στον Δωρεοδότη Κύριο. Και οι προσευχές του απέδωσαν καρπούς. Ένα γράμμα που εστάλῃ με αποστολέα τον μακαριστὸ ιεράρχη και παραλήπτη τον εν Η.Π.Α. διαμένοντα, Κονιτσιώτη, Μιχαήλ Παπαχρηστίδη (αείμνηστο τώρα), έδωσε την λύση στην αναζήτηση του οικοπέδου όπου θα κτίζονταν ο Ναός. Μάλιστα, όπως σημείωνε στην απάντηση του ο αείμνηστος δωρητής Μιχ. Παπαχρηστίδης, τὸ γράμμα του Σεβαστιανού του φάνηκε ώς απάντηση του Θεού στην απὸ καιρὸ επιθυμία του να κτιστεί μιὰ εκκλησία στο οικόπεδό του. Σημειώνουμε ότι στο οικόπεδο αυτό, το οποίο βρίσκεται στο κέντρο της Κονίστης, προ αιώνων υπήρχε Ιερὸς Ναὸς του Αγίου Μεγαλομάρτυρος Γεωργίου του Τροπαιοφόρου (γι’ αυτὸ και το παρεκκλήσιο κάτω απὸ τον Ιερὸ Ναὸ του Αγίου Κοσμά - μετὰ και απὸ παράκληση του δωρητή - είναι αφιερωμένο στον Άγιο Γεώργιο). Αργότερα εκεί οι Τούρκοι κατακτητὲς έκτισαν ένα Τέμενος, το οποίο κατεδαφίστηκε το 1930.
Η προσπάθεια της ανέγερσης του Ιερού Ναού του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού, ξεκίνησε χωρὶς οικονομικοὺς πόρους. Στηρίχθηκε, όμως, στην βοήθεια του Θεού και στην αγάπη και την ευλάβεια των χριστιανών, των απανταχού Ηπειρωτών, προς τον μεγάλο Εθναπόστολο. Για την Συγκέντρωση χρημάτων, ο μακαριστὸς Μητροπολίτης Σεβαστιανός, ίδρυσε ερανικὴ επιτροπὴ για την ανέγερση του Ναού. Απέστειλε δε και δύο εγκυκλίους «προς τους απανταχού Ηπειρώτες». Την Κυριακή 19 Οκτωβρίου του 1969, πραγματοποιήθηκε και έρανος στην Κόνιτσα, απ΄ όπου συγκεντρώθηκε το πολὺ σημαντικὸ για την εποχὴ εκείνη, ποσὸ των 200.000 (διακοσίων χιλιάδων) δραχμών.
Την 1η Σεπτεμβρίου 1970, τέθηκε ο θεμέλιος λίθος απὸ τον, μακαριστὸ πλέον, Αρχιεπίσκοπο Αθηνών και πάσης Ελλάδος Ιερώνυμο (Κοτσώνη), παρουσία και άλλων αρχιερέων, κληρικών, επισήμων αλλὰ και πλήθος κόσμου.
Η ανέγερση του Ιερού Ναού έγινε σε χρόνο «ρεκόρ», αφού σε διάστημα μικρότερο των πέντε ετών απὸ την θεμελίωσή του, εγκαινιάστηκε την 24η Αυγούστου 1975, ημέρα εορτής της μνήμης του Αγίου Κοσμά του Αιτωλού.
Την 23η Αυγούστου 1975, παραμονὴ των εγκαινίων του Ιερού Ναού του Αγίου Κοσμά, ο μητροπολίτης Σεβαστιανὸς μετέβῃ στο χωριὸ Χιονιάδες για να παραλάβει τεμάχιον του ιεροῦ λειψάνου του Αγίου Κοσμά, το οποίο είχαν μεταφέρει κατὰ τα τέλη του 19ου αι. στο χωριὸ αυτό, Χιονιαδίτες μάστορες που δούλευαν στο Κολικόντασι της Βορείου Ηπείρου (όπου μαρτύρησε ο Άγιος). Στην Κόνιτσα η υποδοχή του λειψάνου ήταν πάνδημη. Απὸ τότε το Ιερὸ Λείψανο φυλάσσεται στον Ιερὸ Ναὸ του Ἁγίου Κοσμά.