Η προφορική παράδοση αναφέρει πώς τό παλιό Μοναστήρι πού ασκήτευε ο όσιος Αγάθωνας έπαθε καθίζηση καί η εικόνα της Παναγίας εξαφανίσθηκε, γιά νά βρεθει σέ φωτόλουστη σπηλιά καί εκεί, κοντά στή σημερινή του θέση, νά κτίσει ο όσιος τό μοναστήρι περί τόν 14ο μέ 15ο αιώνα. Η Μονή μετά τήν κοίμηση του κτίτορος ονομάστηκε από τούς μοναχούς μονή του Αγάθωνος.
Πρώτος ιστορικός ερευνητής της Ιεράς Μονής Αγάθωνος ήταν ο Γ. Λαμπάκης, ο οποίος τοποθετεί τό Καθολικό στόν 15ο η 16ο αιώνα.
Τό Μοναστήρι βρίσκεται κοντά στήν Υπάτη σέ υψόμετρο 553 μ., στήν πλαγιά του όρους "Οίτη", μέσα σέ θαυμάσιο φυσικό τοπίο. Ξεχωρίζει τό μεγαλόπρεπο καθολικό αθωνικού τύπου (σταυροειδής τρουλλαίιος, σύνθετος τετρακιόνιος, μέ ενσωματωμένα τέσσερα παρεκκλήσια), ιστορημένο από τά μέσα του 16ου η τό τέλος του 17ου αιώνος. Σήμερα διασώζονται ελάχιστες τοιχογραφίες λόγω της φθοράς του χρόνου καί της καταστροφικής μανίας του Δράμαλη πού πυρπόλησε τό καθολικό (1822). Η εφέστιος εικόνα της Παναγίας του Αγάθωνος (του τύπου της Οδηγήτριας καλυμμένη μέ καλλιτεχνικό ασημένιο επικάλυμμα) είναι θαυματουργική. Στό καθολικό, στά παρεκκλήσια καί σέ άλλα σημεία της Μονής υπάρχουν πολλές επιγραφές πού αναφέρονται στίς ανακαινίσεις του χώρου η στήν ανοικοδόμηση των κτισμάτων όπως αυτή του κωδωνοστασίου: "ΤΟ ΚΟΔΩΝΟΣΤΑΣΙΟΝ ΤΟΥΤΟ ΕΚΤΙΣΘΗ ΔΙ ΕΞΟΔΩΝ ΤΩΝ κ.ΚΩΝ ΚΟΥΤΙΑ ΚΑΙ ΤΩΝ ΑΔΕΛΦΩΝ ΑΥΤΟΥ Γ. ΑΝΑ. ΑΘ. ΙΩ. ΣΠ. ΑΙΚ. ΚΟΥΤΡΕΗ ΕΠΙ ΗΓΟΥΜΕΝΟΥ ΑΛΗΠΙΟΥ Χ ΓΕΩΡΓΙΟΥ ΚΑΙ ΣΥΜΒΟΥΛΩΝ ΑΚΑΚΙΟΥ ΦΙΛΙΠΠΟΥ ΚΩ. Χ ΕΝ ΕΤΕΙ 1859 Μαρτίου 3".
Διασώζονται στή Μονή πολλά πολύτιμα κειμήλια καί τίμια λείψανα. Τά ιερά κειμήλια πού υπάρχουν σήμερα στό Μουσείο της Μονής είναι πολλά καί ενδιαφέροντα. Δεκάδες σταυροί, ιερά σκεύη, Αρτοφόρια, άγια Λείψανα, ιερές εικόνες, άμφια, κώδικες, βιβλία, συνελέγησαν από τούς Ναούς καί τίς διαλελειμένες Μονές της περιοχής από τόν Ηγούμενο Γερμανό Δημάκο καί διά του τρόπου τούτου διεσώθησαν από τούς αρχαιοκαπήλους. Τό πιό παλαιό βιβλίο
της βιβλιοθήκης είναι ένα σύγγραμμα του Ιουστίνου Φιλοσόφου καί Μάρτυρος του έτους 1551. Είναι δωρεά του Επισκόπου Ζητουνίου Φιλοθέου πρός τή Μονή. Σέ πολλά λειτουργικά βιβλία της Μονής υπάρχουν ενδιαφέρουσες ενθυμήσεις Ηγουμένων καί Μοναχών πού έχουν μεγάλη ιστορική αξία γιά τή ζωή της Μονής καί των γύρω χωριών.
Η προσφορά της Μονής στούς χρόνους της επαναστάσεως του 1821 είναι πολύ μεγάλη. Γιά τήν επιτυχία του αγώνος διέθεσε καί τούς ιδίους Μοναχούς της, οι οποιοι συστρατεύθηκαν μέ τούς αγωνιστές του Πατρατζικιώτη οπλαρχηγου Μήτσου Κοντογιάννη.
Στή Μονή λειτούργησαν κατά καιρούς διάφορες σχολές, ιερατική, γεωργική καί δασική.
Σήμερα λειτουργεί εκτροφείο θηραμάτων καί μουσείο Φυσικής Ιστορίας της Οίτης (1953).
Εορτάζει τήν 6η καί τήν 15η Αυγούστου.
