Ο Γεώργιος Σωτηρίου, περιγράφοντας τον ναό, λέει πως είναι «...σύνθετος τετρακιόνιος, με πρισματικό τρούλλο, με νάρθηκα και κομψά προστώα, προ της δυτικής εισόδου και των πλαγίων πυλών. Τους τοίχους του ναού περιθέουν ζωφόροι από κεραμικούς μαιάνδρους».
Η Ντιάνα Αντωνακάτου δε, παρουσιάζει μια ενδιαφέρουσα υπόθεση, λέγοντας πως «ο ναός του Μέρμπακα έχει διαστάσεις 15,67x8,45 και πιθανόν είναι θεμελιωμένος σε χώρο που κατείχε αρχαίο χτίσμα, γιατί έχει εντοιχισμένο στους τοίχους του ένα μεγάλο αριθμό από επιτύμβιες πλάκες, τεμάχια από μαρμάρινες πλάκες και ολόκληρους λίθους από αρχαία ελληνική οικοδομή».
Ο Χαράλαμπος Μπούρας, δηλώνει εμφατικά πως ο ναός της Παναγίας του Βούζη «είναι από τις γνωστότερες και ομορφότερες εκκλησίες της Ελλάδας, σταυροειδούς τύπου, με τρούλο που είναι διατηρημένος σε εξαιρετική κατάσταση». Είναι ενδιαφέρον οτι βρίσκει γοτθικές επιρροές στην αρχιτεκτονική του ναού και στα διακοσμητικά στοιχεία των εξωτερικών τοίχων. Και συνεχίζει λέγοντας πως «ένα χαρακτηριστικό στοιχείο της εκκλησίας είναι η απουσία λευκού μαρμάρου, ενώ έχει χρησιμοποιηθεί σκαλιστός πωρόλιθος για όλα τα γλυπτά αρχιτεκτονικά στοιχεία».
Ένα από τα σπουδαία στοιχεία του ναού είναι και το ηλιακό ρολόϊ του, για το οποίο έχουν πραγματοποιηθεί και δημοσιευθεί αρκετές και ενδιαφέρουσες μελέτες, ελλήνων και ξένων ειδικών. Η Mary Lee Coulson υποστηρίζει χαρακτηριστικά, πως το ηλιακό ρολόϊ του εν λόγω ναού είναι αναμφίβολα σύγχρονο με τον ίδιο τον ναό, κι «έχει τοποθετηθεί πάνω από την είσοδο του νάρθηκα, πράγμα που το συνδέει με την έννοια της εισόδου ή της εξόδου από έναν χώρο (κόσμο) σε έναν άλλο».
Είναι σημαντικό επίσης να τονισθεί οτι, όπως επισημαίνει και ο π. Γεώργιος Παπασταύρου ο ναός δεν είναι απλά ένα βυζαντινό μνημείο, με μεγάλη αξία και σημασία για την Εκκλησία και το θεοφιλές Έθνος μας, αλλά παραμένει μέχρι σήμερα λειτουργικός. Συγκεκριμένα ο π. Γ. Παπασταύρου αναφέρει πως «εκείνο που έχει μεγαλύτερη αξία σήμερα για τον Ιερό αυτό Ναό είναι το οτι εξακολουθεί σαν Άγιο Θυσιαστήριο. Δεν μένει νεκρός και αλειτούργητος. Πέρασε βέβαια και χρόνια που εβεβηλώθηκε από τους αιρετικούς και από άλλους άπιστους κατακτητές. Σήμερα όμως γίνονται μέσα σ’ αυτόν πολλές θείες λειτουργίες και μνημονεύονται μεταξύ των άλλων και οι ψυχές των αειμνήστων κτητόρων και ιδρυτών του».
Αν θέλουμε βέβαια να συνδέσουμε τον εν λόγω ναό με την εκκλησιαστική, αλλά και την πολιτική, ιστορία του τόπου, θα πρέπει να αναφέρουμε πως ο κτήτορας της Αγίας Μονής Άρειας, κοντά στο Ναύπλιο, Επίσκοπος Άργους και Ναυπλίου Λέων (1143-1157), για πολύ σημαντικούς λόγους έγινε κτήτορας κι ενός νέου μοναστηριού, το οποίο είχε ως καθολικό τον ναό Κοίμησης της Θεοτόκου στο Μέρμπακα. Το νέο αυτό μοναστήρι έμεινε στη συνείδηση της τοπικής εκκλησιαστικής ιστορίας με το όνομα «Παναγία του Βούζη». Η επωνυμία «Βούζη» ήταν προφανώς το ειδικό τοπωνύμιο της περιοχής, που πιθανότατα δόθηκε στον τόπο από τον άρχοντα, στην ιδιοκτησία του οποίου ανήκε η περιοχή. Το τοπωνύμιο αυτό όμως λίγο το ενθυμούνται σήμερα οι κάτοικοι της περιοχής. Το συνδέουν δε περισσότερο με τον ναό της Παναγίας.
Ο βασικός λόγος ίδρυσης του μοναστηριού της Παναγίας του Βούζη, ήταν οτι ο Λέων επιθυμούσε η μοναστική αδελφότητα της προαναφερθείσης Αγίας Μονής Άρειας να χρησιμοποιεί το νέο μοναστήρι στο Βούζη ως καταφύγιο, όταν οι πειρατές πραγματοποιούσαν επιδρομές εναντίον της.
Η Αγία Μονή κτίσθηκε το 1149, αλλά για την Παναγία του Βούζη δεν έχουμε συγκεκριμένη χρονολογία. Ένα σημαντικό στοιχείο, που αφορά την χρονολόγηση του ναού του Βούζη είναι ένα «Υπόμνημα», που συνέταξε τον Οκτώβριο του 1144 ο Λέων, και στο οποίο μεταξύ των άλλων αναφέρεται στην σχέση που θα είχαν μεταξύ τους οι Ιερές Μονές που είχε ιδρύσει, και συγκεκριμένα η Αγία Μονή Άρειας και η Παναγία στην τοποθεσία του Βούζη.
Ο Γεώργιος Σωτηρίου και ο Γεώργιος Χώρας, με αφορμή αυτό το Υπόμνημα, δέχονται οτι η Παναγία του Βούζη θα πρέπει μάλλον να κτίσθηκε πριν (ή γύρω από) το 1144, ενώ η Gisèle Hadji-Minaglou και ο A. Struck προτείνουν εποχή ίδρυσης λίγο μετά το 1150. Η Theodora MacKay και η Diana Wright, παρατηρώντας την μορφή των κιόνων, καθώς και τα εντοιχισμένα διακοσμητικά κεραμεικά κύπελλα (ceramic bowls), πιστεύουν οτι ο ναός και το μοναστήρι πρέπει να κτίσθηκαν κατά το δεύτερο μισό του 13ου αι. Την τελευταία άποψη υποστηρίζει (μάλλον για διαφορετικούς λόγους, που θα φανούν παρακάτω) και η Mary Lee Coulson. Πάντως και τα δύο μοναστήρια ήταν γυναικεία στην αρχή, αλλά αυτό στην Άρεια μετατράπηκε αργότερα –από τον Λέοντα- σε ανδρικό.
Η τοπική παράδοση θέλει τα καθολικά και των δύο μονών να έχουν κτισθεί από τον ίδιο πρωτομάστορα. Σύμφωνα, λοιπόν, μ’ αυτή την παράδοση, ο πρωτομάστορας αυτός ήταν κάλφας κοντά σε κάποιον σπουδαίο τεχνίτη, ο οποίος έκτισε τον ναό της Παναγίας στο χωριό Χώνικα. Αργότερα έφυγε από τον δάσκαλό του κι έκτισε μόνος του τους δύο ναούς, στο Μέρμπακα και στην Άρεια. Ο δάσκαλος – τεχνίτης, αφού έμαθε για την πρόοδο του πρώην βοηθού του, πήγε να δει με τα ίδια του τα μάτια και να πεισθεί για το αν οι ναοί ήταν πραγματικά αξιόλογοι. Όταν δε είδε οτι οι ναοί εκείνοι ήταν ομορφότεροι του δικού του, στενοχωρήθηκε τόσο πολύ ώστε πέθανε από το μαράζι του.
Το 1277 έρχεται και κάνει έδρα του το μοναστήρι της Παναγίας του Βούζη ο προαναφερθείς Λατίνος Επίσκοπος Wilhelm von Moerbeke. Ο χρόνος της παραμονής του στο Μέρμπακα παραμένει μέχρι σήμερα ένα μυστήριο..
Σε κατοπινά χρόνια, την εποχή της Β’ Ενετοκρατίας (1686-1715), ίσως το 1691, το μοναστήρι γίνεται κατ’ αρχάς μετόχιο της κοντινής Ιεράς Μονής του Αγ. Θεοδοσίου, διατηρώντας όμως δική του περιουσία. Κατόπιν παραχωρείται από τον Δόγη της Βενετίας Φραγκίσκο Μοροζίνη στον Επίσκοπο Ρεθύμνης Αθανάσιο Χορτάτση, ο οποίος κατοικούσε την εποχή εκείνη στην Πελοπόννησο.
Από το 1715 και μέχρι το 1770 το μοναστήρι της Παναγίας του Βούζη γίνεται έδρα του μητροπολίτη Άργους, ο οποίος αναγκάσθηκε να αφήσει την φυσική του έδρα, λόγω πιέσεων που ασκούσαν σ’ αυτόν οι Τούρκοι κατακτητές. Το γεγονός οτι το μοναστήρι αυτό στο Βούζη έγινε έδρα Μητροπόλεως, αποδεικνύει οτι θα πρέπει να βρίσκονταν σε μεγάλη ακμή, κυρίως όσον αφορά την κτιριακή του υποδομή και την οικονομική του κατάσταση.
Από το 1770 και ύστερα αρχίζει το ξεπούλημα όλης της περιουσίας. Ανεξακρίβωτη πληροφορία λέει πως το μοναστήρι πυρπολήθηκε από τους Τούρκους, ίσως το 1825, κατά την διάρκεια του Μεγάλου Αγώνα. Στα 1833 το μοναστήρι υπάρχει ακόμη, αν και θεωρείται «μονή διαλελυμένη», χωρίς όμως κελλιά, χωρίς μοναχούς και με ελάχιστη περιουσία (20 στρέμματα περιβόλι με 30 διάφορα καρποφόρα δένδρα), την οποία νέμεται ο τότε Πρωτοσύγκελλος Άργους Αθανάσιος.
Σιγά - σιγά η αίγλη του μοναστηριού ξεπέφτει, η περιουσία του περνά αθόρυβα στα χέρια των κατοίκων του Μέρμπακα (το οποίο διευρύνεται συνεχώς), και τα διάφορα κτίσματά του καταρρέουν, χωρίς κανείς να φροντίζει πια γι’ αυτά.
Στην ανατολική και την νότια πλευρά του καθολικού είχε αρχίσει, πριν την Επανάσταση του 1821, ν’ αναπτύσσεται το κοιμητήριο του χωριού. Έτσι, φαίνεται τελικά πως την θέση των μοναστηριακών κτισμάτων κατέλαβε σταδιακά αυτό το κοιμητήριο. Ευτυχώς που μέσα σ’ όλη αυτή την ανακατάταξη σώθηκε τουλάχιστον ο υπέροχος εκείνος ναός της Παναγίας. Το 1855 και το 1912 έγιναν εργασίες συντήρησής του.Οι ανασκαφές που πραγματοποιήθηκαν, μέσα στο ναό, κατά την περίοδο 1989-1990, έφεραν στην επιφάνεια μία κρύπτη, που βρίσκεται κάτω από το Ιερό Βήμα, τον στυλοβάτη του παλαιού εικονοστασίου, αλλά και τάφους, κάτω από τον κυρίως ναό και τον νάρθηκα. Οι τάφοι αυτοί χρονολογούνται από την υστερο-βυζαντινή περίοδο και την εποχή της τουρκοκρατίας.
Η Mary Lee Coulson πιστεύει οτι «ο θολωτός θάλαμος που βρέθηκε κάτω από το Ιερό Βήμα και είναι σύγχρονος με τον ναό, θα μπορούσε να προορίζεται μόνο ως ταφικός. Αυτό αποτελεί σοβαρή ένδειξη οτι ο ναός δεν ήταν ορθόδοξος, αλλά καθολικός». Το τελευταίο αυτό σημείο είναι οπωσδήποτε ακραίο επιστημονικά, ενώ μπορεί να θεωρηθεί οτι έχει κάποια διάσταση αληθείας μόνο στο βαθμό που αναφέρεται στην παρουσία του Λατίνου Επισκόπου της περιοχής (στα χρόνια της Α’ Ενετοκρατίας) Wilhelm von Moerbeke στο μοναστήρι του Βούζη. Γιατί ούτως ή άλλως είναι πασιφανές, από όλα τα αρχιτεκτονικά και ιστορικά στοιχεία, οτι ο ναός της Παναγίας του Βούζη χτίσθηκε ως βυζαντινός και Ορθόδοξος, για χρήση από τους Ορθόδοξους πιστούς.
Αξίζει επίσης ν’ αναφερθεί, οτι παράλληλα με τις ανασκαφές, πραγματοποιήθηκαν τα τελευταία χρόνια και κάποιες εργασίες συντήρησης του ναού και καθαρισμού των τοιχογραφιών.
