Το Καθολικό ανοικοδομήθηκε επάνω σε προχριστιανικό ιερό, όπως συνάγεται από πολλά αρχιτεκτονικά λείψανα ειδωλολατρικού ναού. Το πρώτο αυτό κτίσμα καταστράφηκε. Όταν γίνονταν εργασίες αποχωματώσεως βρέθηκε και μαρμάρινη πλάκα με την εξής περιγραφή: «Εμαστορεύθη ο πάνσεπτος ναός του Οσίου πατρός ημών Ιωάννου του Καλυβίτου παρά Μιχαήλ του Κολοκύνθη.Εύχεστε δια τον Κύριον έτους ΣΤΨΝΓ (1245)». Κατά την παράδοση, η Μονή ανοικοδομήθηκε εκ νέου από αγιορείτες Ρώσους μοναχούς της Μονής Αγίου Παντελεήμονος, αλλά κατά τον ίδιο αιώνα (τον 18ο) ερημώθηκε και πάλι. Όταν αποχωματίσθηκε ο ναός, στις αρχές του 20ου αιώνος, διατηρήθηκε το παλαιό ιερό βήμα με τις τοιχογραφίες του 12ου αιώνος και συμπληρώθηκε σε σχήμα πλέον βασιλικής. Στο τέμπλο έχουν τοποθετηθεί εικόνες, έργα αγιορειτών πατέρων του έτους 1922.
Ημέρες Πανηγύρεων: 15 Ιανουαρίου (μνήμη Οσίου Ιωάννου) και Τρίτη της Διακαινησίμου.
Χρέη Ηγουμενοσυμβουλίου εκτελεί ο Αρχιμ. Στέφανος Καραμούζης.
