

Όταν μελετούσε την Αγία Γραφή εφάρμοζε την υγιή και ορθή ερμηνευτική μέθοδο, διά της οποίας αναζητούσε πάντοτε να ερευνά την σύνθεση του κειμένου και κατόπιν να αναζητεί τα νοήματά του. Κατά την ερμηνεία της Αγίας Γραφής και γενικώς την έκθεση των δογμάτων προτιμούσε περισσότερο την πίστη, έχοντας ως κριτήριο της Ορθοδοξίας την παράδοση της Εκκλησίας, όπου όμως θεωρούσε αναγκαίο χρησιμοποιούσε και τον λόγο.
Για την καλύτερη πνευματική ανάπτυξή του και τον πληρέστερο καταρτισμό του, κατέφυγε σε μονές της Αιγύπτου, όπου ασκήτευε για ένα χρονικό διάστημα. Έλεγε μάλιστα σχετικά: «Εις χείρας πατέρων τεθράμμεθα ορθοδόξων και αγίων». Μάλιστα κατά τους χρόνους εκείνους, ο μοναχικός βίος της Αιγύπτου βρίσκονταν σε μεγάλη ακμή, από την οποία είχε αρχίσει να εξασθενεί, ιδίως μετά τις βίαιες επιθέσεις, τις οποίες εξαπέλυσε εναντίων του ο Θεόφιλος, λόγω των ωρεγινιστικών ερίδων.
Μάλιστα, σύμφωνα με κάποιες πληροφορίες, ο Άγιος Κύριλλος, απεστέλη από τον θείο του Θεόφιλο, μετά τις σπουδές του, στις μονές της Νιτρίας όπου διέμενε επί πενταετία στη μονή του Αγίου Μακαρίου, μελετώντας την Αγία Γραφή και ασκούμενος υπό την καθοδήγηση του γέροντος Σεραπίωνος.

Μετά τον θάνατο του Θεοφίλου, στις 15 Οκτωβρίου 412 μ.Χ., προβλήθηκε ως διάδοχός του, όπως και ο αρχιδιάκονος Τιμόθεος, ο οποίος ήταν αξιόλογος κληρικός και μάλιστα αρεστός στην αριστοκρατία της αλεξανδρινής κοινωνίας καθώς και στη δημόσια διοίκηση της πόλεως. Τελικά Αρχιεπίσκοπος Αλεξανδρείας εξελέγη ο Άγιος Κύριλλος, που ενθρονίσθηκε στις 17 Οκτωβρίου 412 μ.Χ. και διεποίμανε την Εκκλησία της Αλεξανδρείας επί 32 έτη, έχοντας πάντοτε τη βαριά συναίσθηση ότι κατείχε το θρόνο του Ευαγγελιστού Μάρκου.
Ο Άγιος Κύριλλος, αφ’ ενός μεν έλεγχε την κοινωνική ανισότητα, καυτηρίαζε την αναλγησία των πλουσίων και τις κακές συνήθειες, καθώς και πολλά άλλα φαινόμενα της ευημερούσης κοινωνίας, αφ’ ετέρου δε προέβαλλε στους πιστούς το ιδεώδες της χριστιανικής ζωής και αγάπης και τους συνιστούσε να ζουν ζωή σύμφωνη με το θέλημα του Θεού και το χριστιανικό τους όνομα.
Ο Άγιος θεώρησε βασικό καθήκον του την αντιμετώπιση διαφόρων αιρέσεων και σχισμάτων, υπολείμματα των οποίων διασώζονται ακόμη, όπως και των Αρειανών, Μαρκίωνος, Παύλου Σαμοσατέως, Ναυατιανών. Επίσης στράφηκε και κατά των Εθνικών, οι οποίοι επηρέαζαν το λαό διά της μαγείας, της αστρολογίας και τις δεισιδαιμονίες και του μαντείου τους στο Μένουθις. Το μαντείο αυτό αντιμετώπισε διά της μεταφοράς των ιερών λειψάνων των Μαρτύρων Κύρου και Ιωάννου και των Παρθένων Θεοκτίστης, Ευδοξίας και της μητέρας τους Αθανασίας στο ναό των Ευαγγελιστών, τον οποίο ανήγειρε ο Θεόφιλος και τα οποία λείψανα είχαν ευρεθεί σε αρχαίο χριστιανικό ναό του Αποστόλου Μάρκου.
Ο Άγιος Κύριλλος στράφηκε και κατά των Ιουδαίων, επειδή είχαν τη μεροληπτική υπέρ αυτών στάση του έπαρχου Ορέστη και συμπεριφέρονταν προκλητικά στους χριστιανούς. Ο Άγιος επίσης, αντιμετώπισε τις αιρετικές δοξασίες του Πελαγίου και τέλος του Νεστορίου. Ο αγώνας του κατά του Νεστορίου ή του Μονοφυσιτισμού γέμισε την ιστορία του Μεγάλου αυτού Πατρός της Εκκλησίας.

Το 430 μ.Χ., η Σύνοδος που συγκάλεσε στην Αλεξάνδρεια ο Άγιος Κύριλλος, διατύπωσε σε 12 αναθεματισμούς, τις διδασκαλίες που όφειλε να αποκηρύξει ο Νεστόριος. Το σκάνδαλο που δημιουργήθηκε και αναστάτωσε την Εκκλησία από τη διδασκαλία του Νεστόριου ήταν μεγάλο. Αυτό ανάγκασε τον αυτοκράτορα Θεοδόσιο τον Β’ να συγκαλέσει στις 7 Ιουνίου του έτους 431 μ.Χ., στην Έφεσσο, την Γ’ Οικουμενική Σύνοδο. Η Σύνοδος συνήλθε στις 22 Νοεμβρίου 431 μ.Χ. υπό την προεδρία του Αγίου Κυρίλλου. Ο Νεστόριος δεν εμφανίσθηκε. Η Σύνοδος καταδίκασε τη δυσσεβή διδασκαλία του Νεστόριου και τον ίδιο τον αιρεσιάρχη και εξακολούθησε τις εργασίες της επί άλλων θεμάτων. Με καθυστέρηση έφθασε και ο Αρχιεπίσκοπος Αντιοχείας και οι περί αυτόν Επίσκοποι. Όταν έμαθαν την καταδίκη του Νεστόριου, συνήλθαν σε δική τους Σύνοδο, αφόρισαν όλα τα μέλη της Γ’ Οικουμενικής Συνόδου και καθαίρεσαν τον Άγιο Κύριλλο και τον Επίσκοπο Εφέσου Μέμνονα. Με αυτοκρατορικό διάταγμα, που εκδόθηκε μετά από υπόμνημα των βασιλικών επιτρόπων, που ήσαν φίλοι του Νεστορίου, φυλακίστηκαν ο Άγιος Κύριλλος και ο Επίσκοπος Εφέσου. Με επέμβαση της ευσεβούς Πουλχερίας, αδελφής του αυτοκράτορα, ο Θεοδόσιος Β’ κάλεσε να εμφανισθούν ενώπιων του αντιπρόσωποι των δύο πλευρών. Τους άκουσε και αποδέχθηκε τις θέσεις των Ορθοδόξων. Τότε επικυρώθηκαν από όλους τα Πρακτικά της Γ’ Οικουμενικής Συνόδου.
Ο Άγιος Κύριλλος κοιμήθηκε οσίως με ειρήνη, στις 27 Ιουνίου του έτους 444 μ.Χ. Δικαίως ο Άγιος Αναστάσιος ο Σιναΐτης τον προσονόμασε «σφραγίδα των Πατέρων».
Η Εκκλησία θέλησε να αδελφώσει την μνήμη των δύο Μεγάλων Πατέρων αυτής και Αρχιεπισκόπων Αλεξανδρείας, του Μεγάλου Αθανασίου, πρωταγωνιστή κατά του Αρειανισμού, και του Αγίου Κυρίλλου, πρωταγωνιστή κατά του Νεστοριανισμού και όρισε το συνεορτασμό τους στις 18 Ιανουαρίου.
Η Σύναξη των Αγίων Αθανασίου και Κυρίλλου ετελείτο στη Μεγάλη Εκκλησία.
Απολυτίκιο. Ήχος γ'. Θείας πίστεως.
Έρνοις λάμψαντες, Ορθοδοξίας, πάσαν σβέσαντες, κακοδοξίαν, νικηταί τροπαιοφόροι γεγόνατε, τη ευσέβεια τα πάντα πλουτήσαντες, την Εκκλησίαν μενάλως κοσμήσαντες, αξίως εύρατε, Χριστόν τον θεόν ημών, δωρούμενον πάση το μέγα έλεος.
Κοντάκιον Ήχος δ’. Επεφάνης σήμερον
Ιεράρχαι μέγιστοι της ευσεβείας, και γενναίοι πρόμαχοι, της Εκκλησίας του Χριστού, πάντας φρουρείτε τους μέλποντας. Σώσον Οικτίρμον, τους πίστει τιμώντας σε.