Όταν ο Πασάς αντελήφθη την απόδρασή της, κάλεσε την Δημογεροντία της Σινώπης και ζήτησε να του την φέρουν πίσω, σε διαφορετική περίπτωση, θα επακολουθούσε γενική σφαγή των Ελλήνων της πόλεως. Η Δημογεροντία τότε ζήτησε από τον Μπεκιάρη να παραδώσει στον Πασά την κόρη του για το συμφέρον του συνόλου. Ο άτυχος πατέρας, υποτάχθηκε, όπως ο Πατριάρχης Αβραάμ. Ο Πασάς δέχθηκε πίσω με ανείπωτη χαρά την ωραιότατη Ελένη με την ελπίδα ότι θα κορέσει πλέον τις ασελγείς ορέξεις του αλλά και πάλι η δύναμη της προσευχής της τον κράτησε μακριά της.
Οργισμένος, διέταξε να την κλείσουν στις υγρές φυλακές της Σινώπης και όταν μετά από απέλπιδες προσπάθειες ημερών κατάλαβε ότι δεν θα μπορούσε να πετύχει το σκοπό του, διέταξε τον βασανισμό και τον θάνατό της. Το σώμα της ετέθη μέσα σε ένα σάκο και πετάχτηκε στην θάλασσα. Αντί όμως να βυθισθεί, αυτό επέπλεε, ενώ ουράνιο φως κατέβαινε επ᾿ αυτού. Οι Τούρκοι τρομοκρατήθηκαν και κραύγαζαν: «Η γκιαούρισσα καίγεται!.. Η γκιαούρισσα καίγεται!...». Το σακί με το σεπτό Λείψανο της Αγίας συνέχισε να επιπλέει, ώσπου έφθασε στην τοποθεσία Γάει, όπου λόγω του μεγάλου βάθους της θαλάσσης τα νερά είναι μαύρα κι᾿ εκεί πλέον βυθίστηκε...
Μετά από μερικές ημέρες, ένα ελληνικό πλοίο αγκυροβόλησε στην αυτήν τοποθεσία και ο φύλακας του πλοίου παρατήρησε ότι από τον πυθμένα της θάλασσας έβγαινε φως και νόμισε ότι εκεί υπήρχε μεγάλος θησαυρός από χρυσό. Ειδοποίησε τον πλοίαρχο για να ανελκύσουν με δύτες τον θησαυρό, τελικά όμως αντί χρυσού ανέλκυσαν τον σάκο με το Λείψανο της Παρθενομάρτυρος Ελένης. Ανοίγοντας τον, βρήκαν την κεφαλή της Αγίας, αποκομμένη από το υπόλοιπο σώμα και τρυπημένη από δύο καρφιά. Ο πλοίαρχος μετέφερε κρυφά την τιμία και θαυματουργή Κάρα της Αγίας Ελένης στον Ιερό Ναό της Παναγίας στην Σινώπη, το δε σεπτό Σκήνωμά της επεβίβασε σε άλλο πλοίο, το οποίο έφευγε με Έλληνες για την Ρωσία. Στο σημείο της θαλάσσης που βυθίστηκε το ιερό Λείψανο, εξήλθε ως πίδακας γλυκύ νερό και από τότε η περιοχή αυτή ονομάστηκε «Αγιάσματα».
Διά της τιμίας Κάρας της Αγίας Παρθενομάρτυρος Ελένης γίνονταν πολλά θαύματα στην Σινώπη. Ιδιαίτερα, όσοι υπέφεραν από πονοκεφάλους, καλούσαν τον Ιερέα, ο οποίος έφερνε την αγία Κάρα, έψαλλε την Παράκληση, έκαμνε Αγιασμό και θεραπεύονταν ο πόνος.
Κατά την ανταλλαγή των πληθυσμών πριν από το 1924, ο τότε πρόεδρος της Σινώπης, έφερε την Κάρα της Αγίας Ελένης στον Ιερό Ναό της Αγίας Μεγαλομάρτυρος Μαρίνης στην Άνω Τούμπα Θεσσαλονίκης, όπου φυλάσσεται σήμερα ευωδιάζουσα και θαυματουργούσα. Η μνήμη της εορτάζεται την 1 Νοεμβρίου.
