H Μονή ιδρύθηκε το 1720 απο τον Μητροπολίτη Αθηνών Ιάκωβο Β΄, ο οποίος επισκέφθηκε το προϋπάρχον Μοναστήρι των Ταξιαρχών (πιθανόν 14ου αι.), ήπιε νερό απο την παραπλήσια πηγή και θεραπεύθηκε από την χρόνια λιθίαση απο την οποία έπασχε και γι’ αυτό ίδρυσε τό Μοναστήρι της Ζωοδόχου Πηγής.Το 1770 ένας από τους Αγιορείτες «κολλυβάδες» μοναχούς της Μονής Προφ. Ηλία της Ύδρας, ο ιερομόναχος Φιλόθεος έμεινε για ένα διάστημα στο Μοναστήρι του Πόρου, πριν εγκαταβιώσει οριστικά στη Λογγοβάρδα της Πάρου. Η Μονή χαρακτηρίσθηκε ως σταυροπηγιακή με σιγίλλιο του Πατριάρχη Παϊσίου Β΄ (σήμερα Εθνική Βιβλιοθήκη Παρισιού), το οποίο ανανέωσε ο Πατριάρχης Γρηγόριος Ε΄(Μάρτιος 1798). Επίσης, με τουρκικά φιρμάνια δόθηκαν προνόμια και ελευθερίες στη Μονή, γι’ αυτό και αποτέλεσε τόπο μυστικών συναντήσεων των αγωνιστών της περιοχής για την οργάνωση του κατά θάλασσα αγώνα.
Πολλοί από τούς ναυμάχους είναι θαμμένοι στο προαύλιο της Μονής (Νικ. Αποστόλης, Τομπάζης, οικογένεια Μιαούλη, Μπουντούρης, Βατικιώτηδες κ.λ.π.).Κατά τήν περίοδο της Επανάστασης του 1821 Αγιορείτες μοναχοί από την Μονή Διονυσίου κατέφυγαν στο Μοναστήρι, για να διασώσουν θησαυρούς της μονής και παρέμειναν φιλοξενούμενοι επί μία διετία.Το τέμπλο του ναού είναι έργο του 17ου αι., άριστης ξυλογλυπτικής τέχνης, ενώ αξιομνημόνευτη είναι η εικόνα της Ζωοδόχου Πηγής (1855) του Ιταλού ζωγράφου Τσέκολι, καθηγητή της Σχολής Καλών Τεχνών Αθηνών.
Επί Ιωάννου Καποδίστρια στη Μονή λειτούργησε η πρώτη Εκκλησιαστική Σχολή στην Ελλάδα (30/10/1830- 27/9/1831) , με διευθυντή τον Ποριώτη ηγούμενο Ιγνάτιο Παγώνη. Παράλληλα, λειτούργησε και ορφανοτροφείο για τα ορφανά του Αγώνα -180 τον αριθμό.
Γενικά η Μονή προσέφερε πολλά και κατά την διάρκεια του αγώνα και μετέπειτα. Συντηρούσε με χρήματά της το Ελληνικό Σχολείο του Πόρου. Φιλοξένησε και περιέθαλψε πρόσφυγε ς Κρήτες. Βοήθησε υλικά και ηθικά τον λαό του Πόρου,κατά την διάρκεια της γερμανικής Κατοχής. Δώρισε κατά την 10ετία 1950 μεγάλες εκτάσεις της σε ακτήμονες. Παραχώρησε τμήματα των εκτάσεών της για την λειτουργία των Εκκλησιαστικών Κατασκηνώσεων της Μητροπόλεώς μας και του Πνευματικού Κέντρου «Ο Άγιος Λεωνίδης». Τα τελευταία χρόνια έγινε μεγάλη αναπαλαίωση της Μονής με φροντίδα του τότε ηγουμένου της και νυν Μητροπολίτου μας κ. Εφραίμ και με επιστασία του Προηγουμένου π. Πανάρετου Ασημακόπουλου. Σήμερα στη Μονή είναι εγγεγραμμένοι πολλοί πατέρες, οι οποίοι διακονούν σε ενορίες της μητροπόλεώς μας ως εφημέριοι , ενώ στη Μονή εγκαταβιώνουν 3 μοναχοί. Ηγούμενος είναι ο π. Λουκάς Ζήσιμος.
