
Στὶς 15 Ἀπριλίου 565 μ.Χ. ἐξελέγη Πατριάρχης Κωνσταντινουπόλεως καὶ διοίκησε θεοφιλῶς τὴν Ἐκκλησία ἐπὶ δώδεκα καὶ πλέον ἔτη. Μὲ τὴν προτροπὴ τοῦ Ἁγίου ὁ αὐτοκράτορας Ἰουστίνος Β’ (565-578 μ.Χ.) ἀπέστειλε στὴν Αἴγυπτο τὸν Ἀββᾶ Φωτεινὸ πρὸς εἰρήνευση τῶν ταραγμένων ἀπὸ τὶς αἱρέσεις Ἐκκλησιῶν αὐτῆς.
Ὁ Ἅγιος Ἰωάννης κοιμήθηκε μὲ εἰρήνη τὸ ἔτος 577 μ.Χ.