Το 842 μ.Χ. ο Θεόφιλος πέθανε και η Αγία Θεοδώρα ανέλαβε την βασιλεία και την εποπτεία του ανήλικου υιού της Μιχαήλ, με συνεπιτρόπους τον αδελφό της Βάρδα, τον εκ του πατέρα της θείου της, που ήταν μάγιστρος και τον λογοθέτη Θεόκτιστο. Η πρώτη ενέργεια ήταν η απομάκρυνση του εικονομάχου Πατριάρχου Ιωάννου και η εκλογή του Αγίου Μεθοδίου (τιμάται 14 Ιουνίου). Η Σύνοδος, που συνήλθε στις 11 Μαρτίου του 843 μ.Χ., αποφάσισε την αναστήλωση των Αγίων εικόνων και ανόρθωσε την διδασκαλία της Ζ' Οικουμενικής Συνόδου. Η μεγαλοπρεπής πανήγυρη ετελέσθη την Α' Κυριακή των Νηστειών, στο ναό της Αγίας Σοφίας, που από τότε καθιερώθηκε ως Κυριακή της Ορθοδοξίας.
Αλλά εκτός από το ζήτημα των εικόνων, την Αγία Θεοδώρα απασχόλησαν και άλλοι ποικίλοι εσωτερικοί και εξωτερικοί περισπασμοί, όπως οι επιδρομές των Αράβων στη Σικελία και Μικρά Ασία, οι επαναστάσεις των Σλάβων της Πελοποννήσου και των Παυλιανιτών της Μικράς Ασίας, οι εκστρατείες κατά των Αράβων της Κρήτης, της Συρίας και της Αιγύπτου, και οι περιπλοκές με τον ηγεμόνα των Βουλγάρων Βόγορι, τον οποίο οδήγησε στην Ορθοδοξία. Έτσι, εμπιστεύτηκε την ανατροφή του υιού της στον αδελφό της Βάρδα, ο οποίος, με σκοπό το δικό του συμφέρον, ενθάρρυνε και ενίσχυε κάθε ροπή του νεαρού βασιλέως προς την ακολασία. Η δολοφονία του λογοθέτου Νεοκτίστου κατέστησε τον αδελφό της Αγίας πανίσχυρο, ώστε να περιφρονεί και να απειλεί και την ίδια.
Αργότερα, ο ίδιος ο υιός της Αγίας, Μιχαήλ, και ο αδελφός της Βάρδας, διέταξαν τον εγκλεισμό της, μαζί με τις θυγατέρες της Άννα, Θέκλα, Αναστασία, Μαρία και Πουλχερία, στη Μονή Γαστριών, στην περιοχή των Υψομαθείων και την κουρά της ως μοναχής. Εκεί η Αγία Θεοδώρα αφοσιώθηκε στην προσευχή και στην άσκηση. Κοιμήθηκε οσίως με ειρήνη το έτος 867 μ.Χ., το δε ιερό λείψανό της φυλάσσεται με ευλάβεια στο ναό της Παναγίας Σπηλαιωτίσσης στην Κέρκυρα.
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος πλ. α’. Τὸν συνάναρχον Λόγον.
Δωρεῶν τῶν ἐνθέων οὖσα ἐπώνυμος, τὴν Ἐκκλησίαν φαιδρύνεις βασιλικαὶς δωρεαίς, ὡς θεόγλυπτος εἰκὼν θείας φρονήσεως, τῶν γὰρ Εἰκόνων τῶν σεπτῶν, τὴν τιμὴν ὡς σχετικήν, ἐτράνωσας Θεοδώρα, τῶν Βασιλίδων ἄκρατης, τῶν Ὀρθοδόξων ἐγκαλλώπισμα.
