Ύστερα από δεκατρείς ήμερες, την κατέλαβε χάρις σε προδοσία, κατάσφαξε τους 4000 κατοίκους της, στρατιώτες και άοπλο πληθυσμό, καθώς και όλους τους χωρικούς πού είχαν καταφύγει εκεί από τα περίχωρα. Χάρισε τη ζωή μόνο σε 42 ανώτερους αξιωματικούς, όλους επιφανείς, ανδρείους και ευγενικής καταγωγής, και τους μετέφερε βαριά αλυσοδεμένους στη Συρία, όπου τους έκλεισαν σε σκοτεινή και βρωμερή φυλακή. Όπως γράφει ο μοναχός Ευώδιος που έγραψε το μαρτύριο τους ο χαλίφης άφησε «εντολή να τους βασανίζουν δίνοντας τους λίγο ψωμί κι ελάχιστο νερό και εγκαθιστά φύλακες και σκοπούς ώστε κανείς να μην μπορεί να τους μιλήσει…Λιγότερο ήταν το νερό που έπιναν από τα δάκρυα που έτρεχαν από τα μάτια τους». Έτρωγαν κανένα ξεροκόμματο μουχλιασμένο, πού οι δεσμοφύλακες καταδέχονταν αραιά και που να τους πετάξουν, ή που κάποιος από αυτούς είχε λάβει ως ελεημοσύνη. Τους έδιναν άδεια να βγαίνουν εκ περιτροπής και να ζητιανεύουν στους δρόμους. Με το σώμα και τα ενδύματα καταφαγωμένα από τις ψείρες και τα ζωύφια, αδυνατώντας να δουν ο ένας τον άλλο μέσα στο μόνιμο σκοτάδι, κάτισχνοι από τις κακουχίες, οι αξιωματικοί δεν έχασαν παρά ταύτα ούτε την ανδρεία ούτε τη ψυχική τους ευγένεια και αντιστάθηκαν σε όλες τις προτάσεις των απεσταλμένων του χαλίφη να αλλαξοπιστήσουν. «Και αυτό γιατί πίστευε (ο Χαλίφης) πως δεν θα καταχτούσε εξ ολοκλήρου την πόλη την τόσο μεγάλη και πάμπλουτη αν δεν μετέστρεφε τους αγίους εκείνους στη δικιά του πίστη. Έκρινε πως πιο σπουδαίο κι από τα σώματα είναι να νικήσεις τις ψυχές». Αξιολογώντας την κατάκτηση ψυχών κατά πολύ ανώτερη από την κατάκτηση της πόλεως, ο χαλίφης υποσχόταν να τους χαρίσει την ζωή, αν οι αξιωματικοί απλώς προσποιούνταν ότι είχαν αλλαξοπιστήσει, παρουσιαζόμενοι μαζί του στη δημόσια προσευχή. Οι μάρτυρες ρώτησαν τους απεσταλμένους: «Εσείς θα κάνατε το ίδιο στην θέση μας;» —«Ασφαλώς», αποκρίθηκαν οι μουσουλμάνοι, «γιατί δεν υπάρχει τίποτε πολυτιμότερο από την ελευθερία». «Εμείς», ανταπάντησαν οι χριστιανοί, «σε ζητήματα πίστεως, δεν ακούμε τις νουθεσίες όσων δεν μένουν σταθεροί στην δική τους πίστη!»
Μερικές ημέρες αργότερα, παρουσιάστηκαν άλλοι απεσταλμένοι με πρόσχημα να προσφέρουν ελεημοσύνη, και προσποιούμενοι ότι χύνουν δάκρυα συμπόνιας προσπάθησαν να τους ελκύσουν στη θρησκεία του Μωάμεθ, η οποία υπόσχεται κάθε λογής σαρκικές ηδονές σε αύτη την ζωή και στην άλλη. Με τα μάτια στραμμένα προς τον ουρανό, οπλισμένοι με εμπνευσμένα λόγια από την Γραφή, οι γενναίοι αγωνιστές της πίστεως αποκρίθηκαν ότι τέτοιες υποσχέσεις αποτελούσαν απόδειξη της σαθρότητας αυτής της θρησκείας, η οποία υποδουλώνει την έλλογη ψυχή μας, τη δημιουργημένη κατ’ εικόνα Θεού, στην τυραννία της σάρκας. Απάντησαν με την ίδια βεβαιότητα, θυμίζοντας τους ότι ο Μωάμεθ δεν προαναγγέλλεται από κανέναν προφήτη, ενώ αντίθετα ολόκληρη η Παλαιά Διαθήκη προαναγγέλλει τήν έλευση του Χριστού.
Οι άγιοι μάρτυρες για «εφτά ολόκληρα χρόνια έγκλειστοι, περιφέροντας την εγκαταλελλειμένη τους ψυχή στη βία και στις οδύνες της φυλακής, δέν έπαψαν να μελετούν νύχτα και μέρα τους ψαλμούς του Δαβίδ, ούτε και αμέλησαν τις συνηθισμένες προσευχές μαζί και από μόνος του ο καθένας, να λένε, αλλά προς τον Θεό απέτειναν ατέρμονες ευχαριστίες κι ιδιαίτερα για την πολλαπλή σωτηρία που εκείνος τους προσπόρισε».
Στις 5 Μαρτίου 845, εκδόθηκε τελικά η θανατική καταδίκη και επρόκειτο να εκτελεσθούν την επομένη. Ο Βοϊδίτζης, ο προδότης που είχε παραδώσει το Αμόριο και είχε κατόπιν απαρνηθεί τον Χριστό, ήρθε τότε κρυφά στη φυλακή και φωνάζοντας τον Κωνσταντίνο, τον νοτάριο (γραμματέα) του πατρικίου Θεοφίλου, του ανακοίνωσε το νέο και του υπέδειξε άλλη μια φορά να προσποιηθεί ότι προσεύχεται με τον χαλίφη για να γλυτώσει, χωρίς να απαρνηθεί την πίστη του. Ο Κωνσταντίνος απώθησε τον αποστάτη κάνοντας το σημείο τού Σταυρού και γυρνώντας στη φυλακή ανήγγειλε στον κύριο του ότι πλησίασε το τέλος τους. Εκείνος συγκέντρωσε τούς συντρόφους του και πέρασαν τη νύκτα ψάλλοντας ύμνους στον Θεό.
Την επομένη το πρωί, ένας αξιωματικός, συνοδευόμενος από ισχυρή φρουρά, ήρθε για να τους πάρει από τη φυλακή, και προσπάθησε για τελευταία φορά να τους πείσει να συμπροσευχηθούν με τον χαλίφη. Οι άγιοι μάρτυρες αποκρίθηκαν ότι ασφαλώς και θα προσευχηθούν για τους εχθρούς τους άλλα κατά τον τρόπο που διδάσκει ο Χριστός: παρακαλώντας τον Θεό να τον φωτίσει και να τους οδηγήσει στην αληθινή θεογνωσία. Καταλήγοντας αναθεμάτισαν τον Μωάμεθ και όσους τον ομολογούν προφήτη. Οι στρατιώτες τους έδεσαν πισθάγκωνα και τους έσυραν σαν πρόβατα σε σφαγή ως τις όχθες του Ευφράτη, όπου είχαν μαζευτεί πολλοί Σαρακηνοί για να παρακολουθήσουν την εκτέλεση. Ο επικεφαλής αξιωματικός κάλεσε τότε ένα από τους αγίους, τον Θεόδωρο Κρατερό και του υπενθύμισε υψηλοφώνως ότι είχε χειροτονηθεί πρεσβύτερος και είχε εγκαταλείψει το αναίμακτο θυσιαστήριο για να υπηρετήσει στο στρατό, όπου μάλιστα είχε αναλάβει το αξίωμα του πρωτοσπαθαρίου, και είπε: «Εσύ που πήρες τα όπλα και έγινες ανθρωποκτόνος, γιατί θέλεις τώρα να παρουσιαστείς ως χριστιανός; Δεν είναι καλύτερο να καλέσεις σε βοήθεια σου τον Μωάμεθ, μη ελπίζοντας πια στον Χριστό αφού τον απαρνήθηκες;» Ο Θεόδωρος αποκρίθηκε: «Γι’ αυτό μάλλον οφείλω να χύσω το αίμα μου για τον Χριστό, για να μου δώσει άφεση για το αμάρτημά μου!» Και λέγοντας αυτά, με την ευλογία του πατρικίου Θεοφίλου, έκαμε σύντομη προσευχή και έσκυψε το κεφάλι μπροστά στο δήμιο. Όλοι οι άλλοι τον ακολούθησαν με τάξη, χωρίς να φοβηθούν ή να δειλιάσουν και έλαβαν τον στέφανο της νίκης προκαλώντας τον θαυμασμό των Σαρακηνών για το θάρρος τους.
«Η ακλόνητή τους πίστη πολλούς στερέωσε στην πίστη του Χριστού», γράφει ο συγγραφέας του μαρτυρίου, «άλλους που είχαν απομακρυνθεί ανακάλεσε, άλλους που είχαν κλονιστεί στήριξε και τους άτρωτους διαφύλαξε απαθείς…Αυτοί την επίμονη αιχμαλωσία έκαναν αφορμή για να διαπραγματευτούν και να κερδίσουν τη βασιλεία των ουρανών». Τελειώνοντας την περιγραφή απευθύνεται στους αγίους μάρτυρες και τους λέει: «Σ’ εσάς που συμμεριστήκατε τα παθήματά μας, γνώστες του δυστυχισμένου και πλανημένου μας βίου, της σύγχυσης και της τραχύτητάς του, ευχόμαστε να μεσιτεύσετε ευνοϊκά για χάρη μας στον Χριστό…ζητώντας τη σωτηρία μαζί των ψυχών και των σωμάτων μας».
