Απο που ακριβώς πήρε το ονομά το μοναστήρι είναι άγνωστο. Κατά μια εκδοχή το πήρε απο την μικρή θαυματουργή εικόνα του 16ου αιώνα μ.Χ. που παριστάνει την Θεοτόκο να παραστέκεται απο τους αρχαγγέλους Γαβριήλ και Μιχαήλ και η οποία εχει την επιγραφή: Αρχαγγελιώτισσα. Είναι δυνατό όμως ο ζωγράφος να εμπνεύσθηκε την εικόνα απο την ονομασία του μοναστηριού. Παράλληλα με την ονομασία Αρχαγγελιώτισσα εκεινα τα χρόνια - ίσως και απο πιό μπροστά - το μοναστήρι αυτό λεγόταν και Παναγία η Χαλκαλιώτισσα. Επίσης, άλλη μια ονομασία του Μοναστηριού είναι και η Σαμακωβιαvή, επειδή κτίστηκε από κατοίκους της συvοικίας Σαμακώβ.
Στη σημερινή της μορφή η Μονή ανοικοδομήθηκε γύρω στο 1840 μ.Χ. από το Μητροπολίτη Ξάνθης Ευγένιο (1831-1848 μ.Χ.). Οι δαπάνες καλύφθηκαν από χρήματα που συγκέντρωσαν οι κάτοικοι με εράνους. Σημαντική υπήρξε η οικονομική υποστήριξη των καπνεμπόρων της Ξάνθης.
Το 1913 μ.Χ., κατά την Πρώτη Βουλγαρική Κατοχή, τα κειμήλια της Μονής αφαιρέθηκαν και μεταφέρθηκαν στη Σόφια.
Σήμερα, η Μονή είναι ανδρώα και στην ανατολική της πτέρυγα στεγάζεται το Εκκλησιαστικό Μουσείο της Μητροπόλεως Ξάνθης.
