Κατηγορήθηκε ότι πήρε μέρος στην επανάσταση του Διονυσίου Φιλοσόφου (βλέπε 10 Οκτωβρίου), συνελήφθη από τους Τούρκους, που μάταια προσπάθησαν να τον εξισλαμίσουν. Εξαγριωμένοι οι Τούρκοι μπροστά στη σταθερότητα της πίστης του ιερομάρτυρα, υπέβαλαν σ' αυτόν φρικτά βασανιστήρια, τα οποία μεγάλωναν, εφ' όσον ο Σεραφείμ διαρκώς αρνιόταν να προδώσει την ελληνοχριστιανική πίστη του. Αφού του έκοψαν τη μύτη και επανειλημμένα τον παρουσίασαν στον κριτή, αρνούμενος να αλλαξοπιστήσει, τον εκτέλεσαν στις 4 Δεκεμβρίου 1601 μ.Χ. με σουβλισμό και κατ' άλλους με απαγχονισμό. Η τιμία κεφαλή του, εναποτέθηκε στη Μονή της Κρύας Βρύσης, όπου είχε μονάσει ο Άγιος.
O σοφολογιώτατος διδάσκαλος Xριστοφόρος Προδρομίτης συνέθεσε για τον Άγιο Σεραφείμ οκτωήχους Kανόνες, προσόμοιά και ιδιόμελα, τα οποία τυπώθηκαν μαζί με την Aκολουθία του.
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος γ΄. Τὴν ἐν σαρκὶ ζωήν.
Τοῦ Ἀρχιποίμενος λαμπρὸν ἀπαύγασμα καί τοῦ ποιμνίου σου στῦλος καὶ καύχημα, θύτης καὶ θῦμα τοῦ Χριστοῦ ἐξέλαμψας ἐν τῷ κόσμῳ. ᾿Εν τοῖς μαρτυρίοις σου ᾿Εκκλησίαν ἐκόσμησας, Γένος χειμαζόμενον δαψιλῶς εὐηργέτησας· ὅθεν, Σεραφεὶμ ἱερώτατε, ἱκέτευε σωθῆναι τὰς ψυχὰς ἡμῶν.
Ἕτερον Ἀπολυτίκιον
Ήχος δ'.
Οσίως τον βίον σου διεκπεράσας σοφέ, ποδήρει κεκόσμησαι ιεροσύνης φαιδρώς, Σεραφείμ αξιάγαστε` όθεν δικαιοσύνης τον χιτώνα φορέσας, νυν εν αγαλλιάσει, τω Χριστώ συναγάλλη, πρεσβεύων υπέρ πάντων ημών των ευφημούντων σε.
Ἕτερον Ἀπολυτίκιον
Ἦχος α’. Τῆς ἐρήμου πολίτης.
Τῶν Ἀγράφων τὸν γόνον, Φαναριοῦ τὸν πρόεδρον, καὶ Μονῆς Κορώνῃς τὸ κλέος Σεραφεὶμ εὐφημήσωμεν ἀθλήσας γὰρ λαμπρῶς ὑπὲρ Χριστοῦ, θαυμάτων ἐπομβρίζει δωρεᾶς καὶ λυτρούται νοσημάτων φθοροποιῶν, τοὺς πίστει ἀνακράζοντας· δόξα τῷ δεδωκότι σοι ἰσχύν, δόξα τῷ σὲ θαυμαστώσαντι, δόξα τῷ ἐνεργούντι διὰ σοῦ, πάσιν ἰάματα.
Κοντάκιον
Ἦχος γ’. Ἡ Παρθένος σήμερον.
Τῶν Ἀγράφων κόσμημα καὶ Φαναρίου τὸν λύχνον, τῶν πιστῶν τὸ στήριγμα, Ἀρχιερέων τὸ κλέος, πρόφθασον ταῖς σαῖς δεήσεσι, ἀθλοφόρε. Σύντριψον τὰς τοῦ ἀλάστορος μεθοδείας, ἵν’ εὐφροσύνως γεραίρομεν τῇ σῇ ἀθλήσει, Σεραφεὶμ ἀξιάγαστε.
Ἕτερον Κοντάκιον
Ἦχος πλ. δ’. Τῇ ὑπερμάχῳ.
Τῆς Ἐκκλησίας τὸν ἀστέρα τὸν νεόφωτον καὶ Φαναρίου τὸν ποιμένα τὸν θεόκριτον Ἀνυμνήσωμεν ἐν ᾄσμασι θεοφθόγγοις· Ἀνατείλας γὰρ ἐσχάτως δι’ ἀθλήσεως καταυγάζει Ὀρθοδόξων τὰ πληρώματα, Χαίροις λέγοντα, Σεραφεὶμ ἀξιάγαστε.
Ἕτερον Κοντάκιον
Ήχος β'. Τα άνω ζητών.
Θυσία Θεώ προσάγων την αναίμακτον, ως ων ιερεύς της χάριτος πανένδοξε, εν οικείοις ύστερον σε αυτόν ιερεύσας αίμασι` διά τούτο διπλοίς εκ Θεού στεφάνοις, εστέφθης εις την άνω ζωήν.
Κάθισμα
Ήχος α'. Τον τάφον Σου Σωτήρ.
Ευφραίνου η κρηπίς, ιερεών ιδού γαρ, επέφανεν ημίν Σεραφείμ του γενναίου, η ένδοξος άθλησις, τους πιστούς καταυγάζουσα` όθεν σκίρτησον μετά ποιμένων βοώσα` δόξα αίνεσις, συ των Μαρτύρων υπάρχεις, Χριστέ ο Θεός ημών.
Ὁ Οἶκος
Ο υποφήτης των του Θεού μεγάλων μυστηρίων, το σκεύος το της εκλογής, Παύλος ο θεηγόρος, τον μέγαν διαγράφων Αρχιερέα Ιησούν, τον κατά την τάξιν Μελχισεδέκ τας θυσίας εκτελούντα` τοιούτος φησίν έπρεπεν ημίν Αρχιερεύς, όσιος, άκακος, αμίαντος, κεχωρισμένος από των αμαρτωλών, και υψηλότερος των ουρανών γενόμενος. Ταύτας ουν τας ιερατικάς αρετάς, ας ο Ιησούς φύσει εν εαυτώ είχε, τοις Μαθηταίς αυτού μετέδωκεν` εκ του πληρώματος γαρ αυτού, ημείς πάντες ελάβομεν` διό και τον Ιερομάρτυρα Αυτού, Σεραφείμ τον αοίδιμοντον γνησίως Αυτώ ακολουθήσαντα, διπλοίς στεφάνοις κατέστεψεν εις την άνω ζωήν.
Μεγαλυνάριον
Οὐρανίαν τάξιν ὑποδηλῶν τῷ ὀνόματί σου καὶ τὸν κόσμον διακονῶν, ἀνάστασιν Γένους δεήσει μεθοδεύεις, θυσίαν ἐντυγχάνεις, Σεραφεὶμ ἔνδοξε.
Ἕτερον Μεγαλυνάριον
Τὸν τοῦ Φαναρίου πιστὸν φρουρὸν καὶ Χριστοῦ τῶν δούλων τὸν σοφώτατον ὁδηγόν, τὸ τῶν ᾿Επισκόπων ἀγλάϊσμα, τὸν νέον Σεραφεὶμ πάντες ἀνευφημήσωμεν.
Ἕτερον Μεγαλυνάριον
Ἀγράφων τὸν γόνον τὸν ἐκλεκτὸν καί τοῦ Φαναρίου τὸν ᾿Επίσκοπον τὸν σεπτόν, τὸν ἐν δυσχειμέροις καιροῖς τῷ δούλῳ Γένος πολλὰ προσενεγκόντα, ὕμνοις τιμήσωμεν.
Ἕτερον Μεγαλυνάριον
Χρίσματι ἁγίῳ τελειωθείς, θερμῶς ἀναδέχῃ, τὸ μαρτύριον τοῦ Χριστοῦ· οὑ γὰρ ἐπῃσχύνθης, τὸν εὐαγῆ ἀγῶνα, ὦ Σεραφεὶμ διό σε, Χριστὸς ἐδόξασε.
