Κτήτορας ήταν ο Χανιώτης Ιωάννης Χαρτοφύλακας, διδάκτωρ της ιατρικής και της φιλοσοφίας, σημαντικό πρόσωπο της εποχής του με μεγάλη δράση στην κοινωνία των Χανίων.
Την περίοδο της Βενετοκρατίας, η Χρυσοπηγή υπήρξε πνευματικό κέντρο για την Κρήτη με πολλούς μοναχούς και πλούσια βιβλιοθήκη.
Κατά την Τουρκοκρατία, η πνευματική παράδοση της Μονής συνεχίστηκε και η Μονή μετατράπηκε σε πατρι- αρχικό σταυροπήγιο. Κατά τη διάρκεια των επανα- στάσεων, οι πατέρες συμμετείχαν στους ιστορικούς αγώνες της Κρήτης. Το μοναστήρι υπέφερε πολλά δεινά από τους Τούρκους και καταστράφηκε το έτος 1821, κατά τη διάρκεια της ελληνικής επανάστασης.
Kατά τον 19ο αιώνα, αναστηλώθηκε και επανδρώθηκε εκ νέου.
Στον Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, οι Γερμανοί μετέτρεψαν τη Μονή σε διοικητήριο. Yποχρέωσαν τους μοναχούς να απο- μακρυνθούν και προκάλεσαν μεγάλες φθορές στην αρχι- τεκτονική δομή των κτιρίων. Ακολούθησε περίοδος μαρασμού και παρακμής.
Το έτος 1976, η Μονή Χρυσοπηγής μετατράπηκε σε γυναικεία και αναστηλώθηκε εκ θεμελίων, επί της ηγου- μενίας της αείμνηστης Γερόντισσας Θεοσέμνης (+2000).
Η Μονή σήμερα διαθέτει σαρανταμελή αδελφότητα και δέχεται πολυάριθμους προσκυνητές από την Ελλάδα και το εξωτερικό, ανάμεσα στους οποίους και πολλούς νέους, που ανακαλύπτουν τη γνησιότητα της ζωής στη λατρεία και την παράδοση της Ορθόδοξης Εκκλησίας.
