

Στο Χακοντάτε δεν τον είχαν υποδεχθεί θερμά ούτε οι Ρώσοι ούτε οι Ιάπωνες. Ειδικά οι τελευταίοι, εξ' αιτίας του χρόνιου απομονωτισμού τους, δεν είχαν την διάθεση να ακούσουν το κήρυγμα του Ευαγγελίου. Αυτό αποθάρρυνε κάπως το Νικόλαο. Στις 9 Σεπτεμβρίου του 1861 μ.Χ., όμως, δέχθηκε της επίσκεψη του Αρχιεπισκόπου Ιννοκεντίου, ιεραποστόλου της Αμερικής. Εκείνος τον επετίμησε για τον φθίνοντα ενθουσιασμό του και τον συμβούλεψε να μάθει την ιαπωνική γλώσσα. Έτσι και έγινε. Ο Άγιος Νικόλαος έμαθε την γλώσσα και άρχισε να κηρύττει. Κάποια βραδιά, λοιπόν, καθώς μελετούσε στο κελί του, βλέπει ένα σαμουράι να ορμά στο δωμάτιό του με το σπαθί στο χέρι. Θα τον έσφαζε, του είπε, εάν δεν σταματούσε να «διαφθείρει» με τα κηρύγματά του τους ντόπιους. Ταπεινά ο Άγιος Νικόλαος δέχθηκε να πεθάνει, αν όμως πρώτα ο επίδοξος δολοφόνος του θα μάθαινε τι μελετούσε την ώρα εκείνη. Ο σαμουράι άφησε το σπαθί του, για να ακούσει τι είχε να του πει ο Άγιος. Και έτσι ατός άρχισε να του εξηγεί την δημιουργία του σύμπαντος από τον Θεό, το σχέδιο της Θείας Οικονομίας και πως ο Χριστός ήλθε στον κόσμο για να σώσει τον άνθρωπο. Το αποτέλεσμα ήταν, ο παραλίγο δήμιός του να κατηχηθεί και να βαπτισθεί. Λίγα χρόνια αργότερα ο σαμουράι Τακούμα Σαβάμπε έγινε ο πατήρ Παύλος, ο πρώτος Ορθόδοξος Ιάπωνας ιερέας. Ακολούθησαν χρόνια ιεραποστολικής δράσεως, μεταφράσεως λειτουργικών βιβλίων και της Αγίας Γραφής και έντονης κατηχητικής διακονίας.
Το έτος 1880 μ.Χ., μετά από πολλά χρόνια ιεραποστολικής δράσεως, εξελέγη και χειροτονήθηκε Επίσκοπος της Ορθόδοξης Ιαπωνικής Εκκλησίας της Ρωσικής Διασποράς. Το ιεραποστολικό του έργο ήταν πολύ μεγάλο. Κατήχησε και βάπτισε χιλιάδες ανθρώπους. Φρόντισε για την ανέγερση ναών, την πνευματική καλλιέργεια και την λειτουργική αγωγή του εφημεριακού κλήρου. Ο ίδιος έλεγε χαρακτηριστικά: «Ο Ορθόδοξος ιεραπόστολος οφείλει να έχει ανοιχτές τις πόρτες του σπιτιού του, γι' αυτούς που επιθυμούν μια προσωπική επικοινωνία και να μεταβαίνει πρόθυμα όπου υπάρχει δυνατότητα μεταδόσεως του Ευαγγελίου».
Ο Άγιος Νικόλαος κοιμήθηκε με ειρήνη το έτος 1912 μ.Χ.