
Ο Όσιος προσευχόταν αδιάλειπτα στον Κύριο με δάκρυα, χωρίς να γνωρίζει πότε ήταν νύκτα και πότε ημέρα. Δεν είχε στρώμα και ποτέ δεν ξάπλωνε για ύπνο. Κοιμόταν ελάχιστα καθισμένος σε ένα κούτσουρο. Έτρωγε μόνο λίγο πρόσφορο και έπινε λίγο νερό που του έφερνε ο ίδιος ο Όσιος Αντώνιος.
Ο Όσιος Ισαάκιος δοκιμάσθηκε σκληρά από τον πειρασμό την κενοδοξίας. Όμως το έλεος του Θεού και η αγάπη των Πατέρων τον διαφύλαξαν σώο και αβλαβή. Αφού έζησε με σκληρή άσκηση και νηστεία και πρόκοψε στην υπακοή και την απλότητα, κοιμήθηκε οσίως με ειρήνη. Ο ηγούμενος Ιωάννης και οι αδελφοί κήδευσαν με μεγάλη τιμή το ιερό λείψανό του στον υπόγειο τόπο, όπου αναπαύονταν τα σεπτά λείψανα και των άλλων Αγίων Ασκητών της Λαύρας.