Η ιστορία της Κυρά-Παναγιάς ξεκίνησε το 963 μ.Χ., όταν ο Άγιος Αθανάσιος αγόρασε το νησί από τους Βυζαντινούς άρχοντες στην Κωνσταντινούπολη ως μετόχι του Αγίου Όρους, για να προμηθεύει τα εκεί μοναστήρια με τρόφιμα όπως κρέας, μέλι, λάδι και στάρι. Έτσι ξεκίνησε τότε η εκτροφή κατσικιών στην Κυρα Παναγιά και δεν σταμάτησε μέχρι σήμερα, που το νησί εκμισθώνεται από τη Μονή Αγίας Λαύρας σε ντόπιους κτηνοτρόφους για να βόσκουν τα κοπάδια τους.
Στη νοτιοανατολική πλευρά του νησιού βρίσκεται το μοναστήρι, χτισμένο το 1100 μ.Χ. Το μοναστήρι βλέπει στη θάλασσα από ψηλά και μοιάζει περισσότερο με μικρό φρούριο, θυμίζοντας τις εποχές που οι πειρατές λυμαίνονταν την περιοχή. Το φυσικό λιμανάκι του είναι εκτεθειμένο στον καιρό και τα καϊκια μπορούν να το πλησιάσουν μόνο με καλές καιρικές συνθήκες.
Τα κτίρια του μοναστηριού, λιτά αλλά εντυπωσιακά, ανακαινίστηκαν το 1992 μ.Χ. με δωρεά της οικογένειας Ποταμιάνου, έτοιμα να φιλοξενήσουν και πάλι μοναχούς που θα θελήσουν να έρθουν εδώ. Στο μοναστήρι υπάρχουν ακόμη το παλιό λιοτρίβι, ο παλιός αλευρόμυλος καθώς και παλαιοχριστιανικά λέιψανα του 6ου - 7ου αι. μ.Χ.
