Αργότερα ο Όσιος Νείλος, για μεγαλύτερη άσκηση, κατέφυγε σε σπήλαιο που βρισκόταν σε πολύ απόκρημνο βράχο, όπου, αφού ανήγειρε μικρό ναό, παρέμεινε ασκούμενος και νυχθημερόν προσευχόμενος καθ' όλο τον υπόλοιπο βίο αυτού.
Ο Όσιος Νείλος κοιμήθηκε με ειρήνη στις 12 Νοεμβρίου του 1651 μ.Χ. και ενταφιάσθηκε πλησίον του σπηλαίου του. Μετά την οσία ταφή του, μύρο ευώδες ανέβλυσε από τον τάφο του, που παρείχε την ίαση σε όσους ασθενείς προσέφευγαν εκεί με πίστη.
Αργότερα, λόγω εδαφικών μεταβολών, ο τάφος του Οσίου εξαφανίσθηκε και παρέμεινε άγνωστος για πολλά χρόνια. Το 1815 μ.Χ., ο Όσιος Νείλος παρουσιάσθηκε σε κάποιον μοναχό, που ονομαζόταν Αιχμάλωτος και αφού του προείπε πολλά μέλλοντα, στην συνέχεια τον πρόσταξε να καταστήσει βατή τον οδό προς το σπήλαιό του, για να μεταβαίνουν οι μοναχοί να προσκυνούν και να λειτουργούν το ναό που είχε ιδρύσει. Αμέσως ο μοναχός Αιχμάλωτος ανακοίνωσε στους υπόλοιπους πατέρες όσα προστάχθηκαν από τον Όσιο, αυτοί δε έσπευσαν με προθυμία όχι μόνο να διανοίξουν την οδό, αλλά και να οικοδομήσουν νέο ναό προς τιμήν του Οσίου. Κατά την εκσκαφή των θεμελίων του ναού, ανευρέθη ο τάφος του και τα σεπτά λείψανά του, τα οποία ανέδιδαν άρρητη ευωδία.
Προφητεία του Οσίου Νείλου του Νέου και Μυροβλύτου
Προφητεία τοῦ Ὁσίου Νείλου τοῦ Νέου τοῦ καὶ Μυροβλύτου, τοῦ ἐν τῷ Ἁγίῳ Ὄρει τοῦ Ἄθωνος ἀσκήσαντος, πρὸ 600 ἐτῶν, περὶ τῆς ἐλεύσεως τοῦ Ἀντιχρίστου καὶ τῶν ἐν τέλει τοῦ αἰῶνος ἀνθρώπων.
«Κατὰ τὸ 1900 ἔτος βαδίζοντες πρὸς τὸν μεσασμὸν τοῦ 8ου αἰῶνος ἄρχεται ὁ κόσμος τοῦ καιροῦ ἐκείνου, νὰ γίνεται ἀγνώριστος. Ὅταν πλησιάσῃ ὁ καιρὸς τῆς ἐλεύσεως τοῦ Ἀντιχρίστου θὰ σκοτισθῆ ἡ διάνοια τῶν ἀνθρώπων ἀπὸ τὰ πάθη τὰ τῆς σαρκὸς καὶ θὰ πληθυνθῆ σφόδρα ἡ ἀσέβεια καὶ ἡ ἀνομία. Τότε ἔρχεται ὁ κόσμος νὰ γίνεται ἀγνώριστος, μετασχηματίζωνται αἱ μορφαὶ τῶν ἀνθρώπων καὶ δὲν θὰ γνωρίζωνται οἱ ἄνδρες ἀπὸ τὰς γυναῖκας διὰ τῆς ἀναισχύντου ἐνδυμασίας καὶ τῶν τριχῶν τῆς κεφαλῆς· οἱ τότε ἄνθρωποι θὰ ἀγριέψουν καὶ θὰ γενοῦν ὡσὰν θηρία ἀπὸ τὴν πλάνην τοῦ Ἀντιχρίστου. Δὲν θὰ ὑπάρχει σεβασμὸς εἰς τοὺς γονεῖς καὶ γεροντότερους, ἡ ἀγάπη θὰ ἐκλείψη, οἱ δὲ Ποιμένες τῶν Χριστιανῶν, Ἀρχιερεῖς καὶ ἱερεῖς, θὰ εἶναι τότε ἄνδρες κενόδοξοι, παντελῶς μὴ γνωρίζοντες τὴν δεξιὰν ὁδὸν ἀπὸ τὴν ἀριστεράν, θὰ ἀλλάξουν τὰ ἤθη, αἱ παραδόσεις τῶν Χριστιανῶν καὶ τῆς Ἐκκλησίας. Ἡ σωφροσύνη θὰ ἀπολεσθῆ ἀπὸ τοὺς ἀνθρώπους καὶ θὰ βασιλεύση ἡ ἀσωτεία. Τὸ ψεῦδος καὶ ἡ φιλαργυρία θὰ φθάσουν εἰς τὸν μέγιστον βαθμόν, καὶ οὐαὶ εἰς τοὺς θησαυρίζοντας ἀργύρια. Αἱ πορνεῖαι, μοιχείαι, ἀρσενοκοιτίαι, κλοπαὶ καὶ φόνοι, θὰ πολιτεύωνται, ἐν τῷ καιρῷ ἐκείνῳ καὶ διὰ τὴν ἐνέργειαν τῆς μεγίστης ἁμαρτίας καὶ ἀσελγείας, οἱ ἄνθρωποι θέλουν στερηθῇ τὴν χάριν τοῦ Ἁγίου Πνεύματος ὅπου ἔλαβον εἰς τὸ Ἅγιον Βάπτισμα ὡς καὶ τὴν τύψιν τῆς συνειδήσεως.
Αἱ Ἐκκλησίαι δὲ τοῦ Θεοῦ θὰ στερηθοῦν εὐλαβῶν καὶ εὐσεβῶν Ποιμένων καὶ ἀλλοίμονον τότε εἰς τοὺς ἐν τῷ κόσμῳ εὑρισκομένους Χριστιανούς, οἱ ὁποῖοι θὰ στερηθοῦν τελείως τὴν πίστιν, διότι θὰ ἀναχωροῦν ἀπὸ τὸν κόσμον εἰς τὰ ἱερὰ Καταφύγια διὰ νὰ εὕρουν ψυχικὴν ἀνακούφισιν τῶν θλίψεών των καὶ παντοῦ θὰ εὑρίσκουν ἐμπόδια καὶ στενοχώριας. Κὰ πάντα ταῦτα γεννήσονται διὰ τὸ ὅτι ὁ Ἀντίχριστος θέλει κυριεύσῃ τὰ πάντα, καὶ γεννήσεται ἐξουσιαστὴς πάσης τῆς Οἰκουμένης καὶ θὰ ποιῇ τέρατα καὶ σημεῖα κατὰ φαντασίαν, θέλῃ δὲ δώσῃ πονηρᾶν σοφίαν εἰς τὸν ταλαίπωρον ἄνθρωπον, διὰ νὰ ἐφεύρῃ, νὰ ὁμιλῇ ὁ εἷς πρὸς τὸν ἄλλον, ἀπὸ τὴν μίαν ἄκραν της γῆς, ἕως τὴν ἄλλην, τότε θὰ πέτανται στὸν ἀέρα ὡς πτηνὰ καὶ διασχίζοντες τὸν βυθὸν τῆς θαλάσσης ὡς ἰχθύες.
Καὶ ταῦτα πάντα ποιοῦντες οἱ δυστυχεῖς ἄνθρωποι, διαβιοῦντες ἐν ἀνέσει, μὴ γνωρίζοντες οἱ ταλαίπωροι ὅτι ταῦτα ἐστὶ πλάνη τοῦ Ἀντιχρίστου. Καὶ τόσον θὰ προοδεύση τὴν ἐπιστήμην κατὰ φαντασίαν ὁ πονηρός, ὥστε ἀποπλανῆσαι τοὺς ἀνθρώπους καὶ μὴ πιστεύῃ εἰς τὴν ὕπαρξιν τοῦ τρισυποστάτου Θεοῦ.
Τότε βλέπων ὁ Πανάγαθος Θεὸς τὴν ἀπώλειαν τοῦ ἀνθρωπίνου γένους, θέλει κωλοβώσῃ τὰς ἡμέρας, διὰ τοὺς ὀλίγους σῳζόμενους, διότι θέλει πλανῆσαι εἰ δυνατὸν καὶ τοὺς ἐκλεκτούς. Τότε αἰφνιδίως θέλει ἔλθῃ ἡ δύστομος ῥομφαῖα καὶ θὰ θανατώση τὸν πλάνον καὶ τοὺς ὀπαδοὺς αὐτοῦ».
Ἀπολυτίκιον
Ἦχος δ’. Ταχὺ προκατάλαβε.
Ὡς ἄνθη πανεύοσμα, τῆς αἰδίου ζωῆς, τὰ θεία σου λείψανα, ἐκ τῶν ταμείων τῆς γῆς, ἠμὶν ἀνεφάνησαν. Ὅθεν μνείαν τελοῦντες, τῆς εὑρέσεως τούτων, μέλπομεν Πάτερ Νεῖλε, τὴν δοθείσαν σοι χάριν, δι' ἧς πάσι προστάτης, εὑρίσκῃ θερμότατος.
Κοντάκιον
Ἦχος δ’. Ἐπεφάνης σήμερον.
Τὰ σεπτά σου λείψανα περικυκλοῦντες, ἐξ αὐτῶν λαμβάνομεν, ἁγιασμοῦ τὰς δωρεάς, Μυροβλυτῶν ἐγκαλλώπισμα, Νεῖλε θεόφρον, Ἀγγέλων ὁμόσκηνε.
Μεγαλυνάριον
Μύρου ἀποπνέοντα τὴν ὀσμήν, καὶ μελλούσης δόξης, ἐκδηλοῦντα τᾶ ἀγαθά, ὤφθησαν τοῖς πᾶσι, τὰ θεῖα λείψανά σου· διό σε Μυροβλῦτα, Νεῖλε γεραίρομεν.
